A Copaíba foi fundada em 1999 por um grupo de amigos que, percebendo a degradação da Mata Atlântica no município de Socorro-SP, resolveu agir e trabalhar com a restauração de matas ciliares, inicialmente, do Rio do Peixe. A primeira ação do grupo foi modesta: um plantio de 80 mudas em uma área às margens do Rio do Peixe em Socorro. A mão de obra ficou sob a responsabilidade de voluntários.

A ideia de restaurar a Mata Atlântica na região ganhou a adesão de novos voluntários e de outras organizações. Com o tempo, o trabalho da ONG ganhou corpo e desenvolveu membros a partir de diversas ações integradas na área ambiental, de projetos e programas de restauração ecológica à produção de mudas nativas, iniciativas de conscientização à participação em políticas públicas em meio ambiente.